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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
Clone distributor:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 CTA-115F6 RS 22q11.1~11.21(SC)
22q11.1d(NCI)
 chr22 16Mb   D22S137 B18171.1 T7,
B18170.1 SP6		  
22 CTA-154H4 RS 22q11.1~11.21(SC)
 chr7 114Mb   stD22S181*u, RH27840*u CG734373.1 SP6,
CG734372.1 T7,
BZ749002.1*u T7		  
22 XXbac-154H4 22q11.1~11.21(FHCRC)
22q11.1~11.21(SC)
22q11.1~11.21(UCSF)
            
22 RP11-186O8 S 22q11.1~11.22(SC)
 chr22 18Mb   D22S452*u AQ421753.1 SP6  
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5 AQ342054.1*d SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM288WE5 AQ342054.1 SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-460J2 S 22q11.1~11.23(SC)
       D22S452*u    
22 RP11-66F9 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 15Mb     AQ241299.1 T7,
AQ241297.1 SP6		  
22 CTA-125H2 S 22q11~12(SC)
 chr22 24Mb Z98949.1      
22 CTA-292E10 S 22q11~12(SC)
 chr22 27Mb Z93930.10   B14283.1 SP6  
22 CTA-322B1 RS 22q11.23a(NCI)
22q11~12(SC)
 chr22 22Mb Z84718.2 WI-7416, stbK322B1T7 B13824.1 SP6,
B13825.1 T7		  
22 CTA-65A6 S 22q11~12(SC)
 chr22 22Mb Z92546.2      
22 CTA-357F7 S 22q11.21(SC)
 chr22 16Mb   WI-15321    
22 CTA-872B4 S 22q11.21(SC)
 chr22 16Mb   D22S137 B14102.1 T7,
B14101.1 SP6		  
22 CTA-433F6 S 22q11.21~11.23(SC)
 chr22 19Mb     B13946.1 T7,
BZ749019.1 T7,
BZ749018.1 SP6,
B13945.1 SP6		  
22 CTA-77H2 S 22q11.2(SC)
 chr22 16Mb   WI-15321    
22 CTA-865E9 S 22q11.2(SC)
 chr22 27Mb     B14095.1 SP6,
B14096.1 T7		  
22 RP11-1057H19 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 17Mb     AQ680734.1 T7,
AQ673652.1 SP6		  
22 RP11-172D7 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM217XF4, AFM217XF4*u    
22 RP11-22M5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb AC013709.3 AFMA037ZD1 B84237.1 T7,
AQ008916.1 SP6,
B84236.1 SP6		  
22 RP11-239G23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5   multiple_placements_on_genome
22 RP11-239G23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM288WE5   multiple_placements_on_genome
22 RP11-278E23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 19Mb AC013360.4 AA620715*u, AI345015*u    
22 RP11-36N5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb   AFM292VA9 AQ045129.1 T7  
22 RP11-81B3 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb     AQ286813.1 SP6,
AQ286816.1 T7		  
22 RP11-91O6 CR 22q11.2(FHCRC)
22q11.21(NCI)
 chr22 16Mb     AQ282783.1 T7,
AQ282780.1 SP6		  
22 RP5-930L11 S 22q11.21~11.23(SC)
 chr22 23Mb AL049759.10      
22 CTA-190D8 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 26Mb   stbK754D9T7 B18001.1 SP6,
B18002.1 T7		  
22 CTA-390C10 S 22q11.21~12.1(SC)
 chr22 24Mb AL008721.1   B14355.1 T7,
B14354.1 SP6		  
22 CTA-503F6 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 25Mb AL021153.1      
22 CTA-52C3 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 21Mb   D22S257, D22S257*u    
22 CTD-2093I24 C 22q11.2~12.1(FHCRC)
            
22 CTD-2164I18 C 22q11.2~12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   Hs.13944 AQ154116.1*u SP6,
AQ297242.1*u T7		  
22 RP1-281O16 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 33Mb AL031001.1      
22 RP3-370D16 S 22q11.21~12.1(SC)
 chr22 23Mb   stbK344C7SP6    
22 CTA-221G9 RS 22q11.21~12.2(SC)
22q11.23c(NCI)
 chr22 23Mb Z99916.1 stbK76C9T7 BZ749006.1 T7,
BZ749005.1 SP6,
B18023.1 SP6		  
22 CTA-363A12 S 22q11.2~12.2(SC)
 chr22 33Mb AL020992.1   B14343.1 T7,
B14342.1 SP6		  
22 CTB-48E9 S 22q11.2~12.2(SC)
 chr22 25Mb Z99714.2      
22 RP1-268D13 S 22q11.21~12.2(SC)
 chr22 24Mb AL023513.1      
22 RP5-1172A22 S 22q11.21~12.2(SC)
 chr22 25Mb AL034386.2      
22 CTA-437G10 S 22q11.2~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL390209.1,
AL390210.1		   B14378.1 T7,
B14377.1 SP6		  
22 RP11-297B9 C 22q11.2~12(FHCRC)
 chr22 22Mb AC011896.5      
22 RP4-633O19 S 22q11.2~13.1(SC)
 chr22 35Mb CR383703.1,
CR383704.1		      
22 CTA-526G4 R 22q11.22a(NCI)
 chr22 20Mb   WI-362, stD22S112, WI-13513*u BZ749020.1 SP6,
BZ749021.1 T7		  
22 CTA-796E4 S 22q11.22~12.1(SC)
 chr22 24Mb AL022337.19      
22 RP11-9F11 S 22q11.22~12.1(SC)
 chr22 23Mb AL050312.8   B72532.1*u SP6  
22 CTA-373H7 S 22q11.22~12.2(SC)
 chr22 25Mb Z99774.1   B13885.1 SP6  
22 RP1-66A20 S 22q11.22~12.2(SC)
 chr22 25Mb   D22S604    
22 RP1-205F14 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 25Mb AL049536.5      
22 RP11-329J7 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 27Mb AL118497.9      
22 RP11-444G7 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 27Mb AL117330.6      
22 RP11-46E17 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL050402.16 AFMB294ZC1 AQ198544.1 ,
AQ198535.1 		 
22 RP3-353E16 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL031591.19      
22 RP4-745C22 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 27Mb AL031596.7      
22 RP5-1177M9 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 27Mb AL031030.1      
22 RP5-848E6 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 30Mb   stbK210G9SP6    
22 RP6-45P1 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL035397.4      
22 RP3-366L4 S 22q11.23~12.2(SC)
 chr22 27Mb AL023494.12      
22 CTA-415G2 RS 22q11.23~12.3(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 31Mb Z83846.1 stD22S411E BZ749016.1 SP6,
BZ749017.1 T7		  
22 RP11-375H17 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr11 100Mb AL121885.22*d   AQ533795.1 SP6,
AQ533798.1 T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-375H17 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL121885.22   AQ533795.1*d SP6,
AQ533798.1*d T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP13-388M4 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr22 26Mb   stdJ213J1p.sp6    
22 CTA-754D9 S 22q11.23~13.1(SC)
 chr22 26Mb AL050313.6   B14058.1 SP6,
B14059.1 T7		  
22 CTA-175E3 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb Z95113.2   B14235.1 SP6,
B14236.1 T7		  
22 CTA-211A9 S 22q12.1(SC)
 chr22 25Mb Z95889.1   B18018.1 T7,
B18017.1 SP6		  
22 CTA-243E7 S 22q12.1(SC)
 chr22 23Mb AL022323.7   B18054.1 T7,
B18053.1 SP6		  
22 CTA-445C9 S 22q12.1(SC)
 chr22 25Mb Z95115.1   B13949.1 T7  
22 CTA-57G9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1c(NCI)
 chr22 27Mb Z95116.1 stD22S991E.1 B13991.1 T7,
B18131.1 T7		  
22 CTA-732E4 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb AL008722.16   B14047.1 SP6,
B14048.1 T7		  
22 CTA-747E2 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb AL021393.1   B14054.1 SP6,
B14055.1 T7		  
22 CTA-992D9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1b(NCI)
 chr22 25Mb AL008638.1 stWI-13238*u B14155.1 T7,
B14154.1 SP6		  
22 RP11-13J4 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFM211YF10, AFM211YF10*u B75132.1 T7,
B75131.1 SP6		  
22 RP11-22B4 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb AL080244.4   B92164.1 SP6,
AQ009382.1 T7		  
22 RP11-29I20 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFMA298YB5 B87595.1 T7  
22 RP11-5O6 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 26Mb   AFMB294ZC1    
22 RP11-76E8 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 22Mb   AFM309WD5 AQ265558.1 T7,
AQ265556.1 SP6		  
22 RP11-89A2 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb     AQ286117.1 SP6,
AZ516934.1 SP6,
AQ286118.1 T7		  
22 RP11-89E2 C 22q12.1(FHCRC)
 chr4 130Mb     AZ517006.1 T7,
AQ282707.1 T7,
AQ282704.1 SP6		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-89E2 C 22q12.1(FHCRC)
 chrY 1Mb     AZ517006.1 T7,
AQ282707.1 T7,
AQ282704.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-91K24 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 25Mb     AQ318756.1 T7,
AQ318755.1 SP6		  
22 CTA-984G1 S 22q12.1~12.2(SC)
 chr22 27Mb AL031186.8   B14149.1 T7  
22 RP3-477H23 S 22q12.1~12.2(SC)
 chr22 26Mb AL033538.1      
22 CTA-221H1 RS 22q12(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 32Mb AL008717.1 stW1-355 BZ749008.1 T7,
B18024.1 T7,
BZ749007.1 SP6		  
22 CTA-285F3 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 31Mb AL021452.20      
22 CTA-342B11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr12 96Mb AL008719.5*d   B14521.1 T7,
B16381.1 SP6,
B14301.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-342B11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 30Mb AL008719.1   B14301.1 SP6,
B14521.1*d T7,
B16381.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-407F11 S 22q12(SC)
 chr22 24Mb AL022329.9      
22 CTA-440B3 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 30Mb AL022331.1      
22 CTA-544A11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL023281.1   B14391.1 T7  
22 CTA-566G5 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 32Mb AL023577.1   B13975.1 T7,
B13974.1 SP6		  
22 CTA-766E1 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 31Mb AL023282.1   B14061.1 T7,
B14060.1 SP6		  
22 CTA-929C8 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 25Mb AL020994.1      
22 CTA-963H5 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC003072.1 stbK963H5T7 B14141.1 T7,
B14140.1 SP6		  
22 CTB-3K3 R 22q12(CSMC)
 chr22 33Mb   AFMA223YD9    
22 CTD-2080J3 R 22q12(UCSF)
            
22 CTD-2194H2 R 22q12(UCSF)
 chr22 21Mb     AQ293820.1 SP6  
22 CTD-2231J3 C 22q12(FHCRC)
22q12(UCSF)
            
22 CTD-2281O12 R 22q12(UCSF)
 chr22 37Mb     AQ005949.1 SP6  
22 RP1-101G11 S 22q12(SC)
 chr22 33Mb AL021877.1      
22 RP1-116G19 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 31Mb AL035068.3      
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 RP1-15I23 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 28Mb AC004819.2 SGC33524*u    
22 RP1-215F16 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 33Mb AL024494.1      
22 RP1-272J12 S 22q12(SC)
 chr22 33Mb Z82194.1      
22 RP1-5O6 S 22q12(SC)
 chr22 36Mb AL020993.1      
22 RP1-78F24 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AL022336.1      
22 RP11-129B19 C 22q12(FHCRC)
 chr22 33Mb   AFMA223YD9    
22 RP11-195M23 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ413393.1 T7,
AQ413390.1 SP6		  
22 RP11-213L15 C 22q12(FHCRC)
 chr22 27Mb   AFMA247XE1    
22 RP11-233I24 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-234B8 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-247I13 S 22q12(SC)
 chr22 30Mb AL096701.14      
22 RP11-254F5 S 22q12(SC)
 chr22 30Mb AL096702.10   AQ479783.1 T7,
AQ479751.1*u SP6		  
22 RP11-26I11 C 22q12(FHCRC)
 chr22 26Mb   AFMA190WE5    
22 RP11-335E3 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb AL109981.1      
22 RP11-379L5 S 22q12(SC)
 chr16 51Mb     AQ532483.1 T7,
AQ532479.1 SP6		  
22 RP11-389H23 C 22q12(FHCRC)
 chr22 31Mb AC009966.5      
22 RP11-446H20 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-460A5 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ632866.1 SP6,
AQ632867.1 T7		  
22 RP11-492A7 S 22q12(SC)
 chr22 29Mb AL079299.12      
22 RP11-528B21 S 22q12(SC)
 chr22 29Mb   stbK963H5    
22 RP11-540P6 C 22q12(FHCRC)
 chr22 35Mb AC008048.17      
22 RP11-541J16 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb AL080241.14      
22 RP11-79B21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 33Mb     AQ284055.1 T7,
AQ284052.1 SP6		  
22 RP11-79G21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 26Mb     AZ519044.1 SP6,
AQ317539.1 SP6,
AQ283491.1 SP6,
AQ283508.1 T7		  
22 RP11-79G6 C 22q12(FHCRC)
 chr22 28Mb     AZ519165.1 SP6,
AQ282650.1 SP6,
AQ282653.1 T7,
AQ581359.1*u T7		  
22 RP11-835H20 C 22q12(FHCRC)
         AQ833173.1*u T7  
22 RP11-89D12 C 22q12(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM168XA1, AFM168XA1*u AQ285741.1 T7  
22 RP11-89J4 C 22q12(FHCRC)
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AQ286534.1*u SP6		  
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BX284661.1		      
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AQ083482.1 		 
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AL110122.1		   B18076.1 SP6  
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B16678.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-343C1 S 22q13.3(SC)
 chr22 46Mb AL008720.1   B13839.1 SP6,
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B16678.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
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B14484.1 T7		  
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22q13.31f(NCI)
 chr22 46Mb AL021306.1 stcN75H12B BZ748969.1 SP6,
BZ748970.1 T7		  
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BX284657.1,
BX284658.1,
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AQ202260.1*u 		 
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22 RP13-8M13 S 22q13.31~13.33(SC)
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AL096756.1		      
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AL049774.1		      
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22 CTD-3018K1 22qter(UChicago)
 chr22 49Mb     AQ093314.1 T7,
AQ119887.1 SP6		  
total356C:60 R:31 S:281356343 222125119 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag

  *d indicates sequences that disagree with placement on the genome.

  *u indicates seqeunces that didn't align to the genome or were not used for annotation because the clone was placed to multiple locations on the human genome.